La historia de la Casona empieza en noviembre de 1605 con un generoso donativo económico para su primera construcción entregado a la Orden Jesuita o Compañía de Jesús por don Antonio Correa Ureña, funcionario del Santo Oficio. Los restos de este benefactor se conservan aún en la iglesia de San Carlos que formó parte integral del Noviciado de San Antonio Abad creado con esos fondos. El complejo constaba entonces de sólo una capilla y dos patios, pero ya a mediados del siglo XVIII había alcanzado su máxima extensión y su mayor esplendor, llegando con sus huertos y casas de ejercicios espirituales hasta las inmediaciones del actual Palacio de Justicia.
El terremoto de 1746, sin embargo, dejó al conjunto en ruinas y devastó al resto de Lima. En las siguientes décadas la ciudad intenta redefinirse con nuevas obras de esparcimiento público como el primer coliseo de gallos, la plaza de toros en Acho y el remodelado Paseo de Aguas, pero la arquitectura conventual no perdería importancia. Cuando, por motivos políticos, en 1767 la corona española le encomienda al virrey Amat la expulsión de los jesuitas del Perú, la Casona ya había sido reedificada hasta adoptar un aspecto semejante al actual. Es con esos cinco patios coloniales, la capilla interior y la iglesia externa, que el conjunto pasa en 1769 a ser sede del Real Convictorio de San Carlos , destinado a la educación de niños y jóvenes promisorios.
Durante la lucha por la emancipación y bajo la dirección de Toribio Rodríguez de Mendoza, el nuevo instituto pedagógico se convirtió en el mayor foco de ideas ilustradas y separatistas. Esa agitación fue la razón de fondo para que el Virrey Pezuela lo clausurara en 1817, pretextando carencias económicas. Vuelto a inaugurar un año después de la declaración de la Independencia, el ya rebautizado Colegio de San Carlos es asimilado en 1861 a la Universidad de San Marcos y a partir de 1867 es convertido en su sede central, cuando el principal y primer centro de altos estudios del país se ve obligado a transferir su antiguo local de la Plaza Bolívar al Congreso de la República.
En 1880, urgido por la Guerra del Pacífico, el ejército peruano aloja batallones de reserva en el antiguo noviciado. Durante la ocupación de Lima, entre 1881 y 1883, el edificio es tomado por el invasor para el acantonamiento de sus tropas, dando lugar a graves destrozos y saqueos.
Tras ese trance se inició un largo proceso de recuperación y adaptación de la Casona. Ya en 1858 se habían iniciado las transformaciones urbanas que confinaron al antiguo complejo en la manzana que hasta hoy ocupa, lo que determinó la construcción de la porción mayor de la gran fachada principal que ahora conocemos. Ésta se completaría en los años veinte cuando las modificaciones del entorno culminan con la inauguración del Parque Universitario y la afrancesada avenida Colmena durante las celebraciones por el centenario de la Independencia con las que el presidente Leguía ensaya una agresiva modernización de la ciudad.
Como parte de ello la Iglesia de San Carlos se transformó en Panteón de los Próceres , acogiendo los cuerpos y sarcófagos de quienes combatieron por la independencia del Perú. El bello templo que los jesuitas terminaron de reconstruir en 1766 sufre a partir de entonces importantes reformas, incluyendo intervenciones artísticas modernas, como las interesantes alegorías patrióticas de José Sabogal, pintadas hacia 1924, y las realizadas en 1971 por Teodoro Núñez Ureta. De su antiguo barroquismo interior, sin embargo, pueden aún admirarse el altar principal y el magnífico púlpito de caoba, evocado por Pedro Benvenuto Murrieta como el "mejor que existe en Lima".
Contiguo a San Marcos e identificado con la Torre del Reloj donada por la colonia alemana, el nuevo parque se convirtió en un espacio natural para la prolongación de los debates políticos e intelectuales iniciados en los antiguos claustros. Desde las históricas manifestaciones de los años veinte en que se forjaron los grandes partidos del siglo, hasta las huelgas de hambre contra la dictadura militar a finales de los setenta, la Casona y el Parque Universitario fueron una tribuna decisiva.
Ese protagonismo social, sin embargo, no pudo impedir los crecientes maltratos a los que se vería sometido el monumento. A partir de los años treinta los esfuerzos anteriores por recuperar y embellecer a la Casona se vieron progresivamente revertidos: el incremento migratorio del campo a la ciudad trajo como consecuencia el crecimiento de la población universitaria, y esto, a su vez, dio lugar a la caótica improvisación de espacios y construcciones con el fin de cobijar a estudiantes de todo el país. Se levantaron así segundos niveles de material precario y algunos patios fueron tugurizados desatinadamente. Pronto se volvió evidente la necesidad de una sede nueva, y en 1951 San Marcos celebró sus cuatrocientos años de fundada colocando la primera piedra de la actual Ciudad Universitaria.
A comienzos de los sesenta ya las facultades de Derecho, Letras y Ciencias se habían mudado al campus. Los estragos ocasionados en la Casona por el terremoto de 1966 aceleraron el traslado del rectorado mismo. A partir de entonces el deterioro del edificio histórico se vio agravado por el abandono. También por el desinterés y la incomprensión más radicales: durante el gobierno militar del general Velasco llegó incluso a anunciarse su demolición para dar paso a grandes torres de oficinas.
Aunque sobrevive a esas amenazas y nuevos sismos, los maltratos y usos irresponsables hacen que la ruina del gran claustro parezca irreversible. Con sus pocos ambientes utilizables ocupados por dependencias empobrecidas y desarticuladas, la vieja Casona llega entre sus propios escombros a los convulsionados años ochenta.
En 1989, sin embargo, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Agencia Española de Cooperación Internacional y el Instituto Nacional de Cultura suscriben el Convenio Perú-España para restaurar este notable monumento arquitectónico adecuándolo a su nuevo uso integral como espacio dedicado a la investigación y creación artísticas. Tras dos años de estudios, documentación y evaluación, las obras se iniciaron en 1991. Hoy, luego de más de una década de trabajos, y adaptado a su nuevo título de Centro Cultural de San Marcos , este viejo enclave de historia y conocimiento ingresa al actual milenio bajo el signo de la renovación. Un compromiso abierto con el cambio y con un proyecto crítico que sin embargo implica vínculos nuevos con el pasado y con la tradición de cada uno de los ambientes de la Casona.
